Alle series draaien om een groepje tieners/jonge volwassenen en de hond Scooby-Doo. Samen hebben ze een bedrijfje genaamd "Mystery Inc.", dat overal mysteries oplost. Deze mysteries draaien altijd om bovennatuurlijke wezens. Meestal blijken deze wezens achteraf gewoon criminelen en oplichters te zijn die zich enkel voordeden als spoken of monsters, maar het gebeurt ook weleens dat het team in aanraking komt met echte monsters. Soms wordt het team ingehuurd door iemand om een mysterie op te lossen, maar het gebeurt ook geregeld dat ze per ongeluk erbij betrokken raken.

Het team van Mystery Inc. bestaat doorgaans uit de volgende personen:

• Scooby-Doo
• Fred "Freddie" Jones
• Daphne Blake
• Velma Dinkley
• Norville Shaggy""Rogers

Scooby-Doo en Shaggy zijn de enige twee personages die in alle series en films meespelen. Op de samenstelling van de rest van het team wordt in bepaalde series gevarieerd. De personages verplaatsen zich in een omgebouwd busje genaamd de "Mystery Machine".